- Отдел региональных экологических проблем (ОРЭП)
- Сектор по нормированию отходов (СПНО)
- Отдел методических основ нормирования и установления технических нормативов выбросов (ОМОН и УТНВ)
- Лаборатория методологии нормирования выбросов в атмосферу (ЛМНВА)
- Лаборатория расчетных методов определения выбросов (ЛРМОВ)
- Отдел научно-методических основ аналитического контроля промышленных выбросов (ОНМО АКПВ)
- Лаборатория ольфактометрического анализа запахов (ЛОАЗ)
- Отдел научно методических основ моделирования трансграничного переноса и учета национальных выбросов (ОНМО МТП и УНВ)
- Аналитическая лаборатория (АНЛАБ)
- Рекламно-информационный центр (РИЦ)
- Учебный центр (УЦ)
- Омский лабораторный измерительный центр